Answer

Q) MOに複数のフォルダがあって、それぞれにデータが入った形でもいいのでしょうか?
例)MOの中に kanazawaというフォルダ その中に写真20点
weddingというフォルダの中その中に写真20点とか・・・。

またこのような場合、各フォルダ内の画像の名前はまったく別でないといけませんか?
例)MOの中に
kanazawaというフォルダ その中にsanyo001.jpg〜sanyo020.jpg
weddingというフォルダ その中にsanyo001.jpg〜sanyo020.jpg
しかし、kanazawaというフォルダとweddingというフォルダ内の写真は別物。
この形でお願いできるのでしょうか?それとも名前を全て変えた方がよいですか?

そのままで大丈夫ですよ。
変えないで、今のままでOKです。
なお余談ですが、DPOF(Digital Print Order Format)という規格が制定されました。この規格に準拠したデジカメかソフトウェアでプリントのオーダーを行えば、プリントすべき撮影データの指定や枚数が簡単に行えるとともに、オーダーファイルが生成されます。このオーダーファイルと撮影データを、当方のようなプリントサービスに送付すれば、自動的にプリントされることになっているそうです。